为了核算和监督事业单位各项借入资金的增减变动及其结存情况，需设置“借入款项”账户。该账户贷方登记事业单位借入款的本金;借方登记偿还借入款的本金;余额在贷方，反映尚未偿还的借入款的本金。该账户应按债权人设置明细账进行明细分类核算。

事业单位从财政部门、上级主管部门、金融机构及其他单位借入款时，借记“银行存款”账户，贷记“借入款项”账户。

事业单位的借款利息应记入哪个支出账户取决于借款的用途，如果是用于事业单位开展各项专业活动及其辅助活动的借款，其利息应记入“事业支出”账户;若用于事业单位在专业活动及辅助活动之外的非独立核算经营活动，其利息应记入“经营支出”账户;对购建固定资产所发生的借款利息，在固定资产尚未办理竣工手续之前所发生的，应记入固定资产的价值，竣工决算之后所发生的借款利息，记入“事业支出”账户。由于事业单位一般采用收付实现制进行核算，通常在支付利息时直接列支。分期支付借入款的利息时，借记“事业支出”、“经营支出”等账户，贷记“银行存款”账户。

到期归还借入款时，借记“借入款项”账户，贷记“银行存款”账户。

如果事业单位的借款是用于产品生产或非独立核算的经营活动，借款利息应按期支付并到期随本付清。事业单位为正确进行收入与支出的配比，也可以比照企业采用权责发生制的方法核算，如采用预提费用的办法进行核算。